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高效液相色譜儀在水環(huán)境監(jiān)測中的應用主要分為三個方面：一方面是對傳統(tǒng)監(jiān)測項目指標的監(jiān)測；一方面是針對水體中的有機物進行監(jiān)測；另一方面是利用其高效分離的技術特點在對水體中污染物質總量的監(jiān)測的基礎之上對不同價態(tài)及其形態(tài)的污染物進行分類定量監(jiān)測。 　　

1、對傳統(tǒng)污染物的監(jiān)測 　　

對傳統(tǒng)污染物的監(jiān)測主要是針對日常水體中常見污染物的重點監(jiān)測。根據(jù)國家的相關要求及其本站的實際監(jiān)測條件，對水體中主要污染物的監(jiān)測包括了重金屬元素（銅、鋅、砷、汞、鎘、鉻等）、營養(yǎng)元素（氮、磷、鉀等）、特殊元素（硒、氯、硫等）。通過如上監(jiān)測對水體的日常污染狀況進行把握與評價。同時，傳統(tǒng)污染物的監(jiān)測還包括了對特定企業(yè)排污點的污水監(jiān)測，作為其環(huán)保達標的重要依據(jù)。 　　

2、對水體中有機物的監(jiān)測 　　

在傳統(tǒng)的污染物的基礎之上工業(yè)以及農(nóng)業(yè)淋容等多方面因素會對水體中造成一定的有機物污染，在針對有機物的污染監(jiān)測過程中傳統(tǒng)的監(jiān)測方法無法在精度與效率方面達到要求。在此方面應用高效液相色譜儀在對有機物進行定型的同時進行定量的監(jiān)測。主要監(jiān)測的項目包括了，工業(yè)有機污染物（氰化物、）揮發(fā)酚、石油類、總有機物等）、農(nóng)業(yè)有機物（如殺蟲劑、除草劑、消化抑制劑）、特殊有機物（微生物代謝物、醫(yī)療污染物、生活污水等）。針對如上的有機物監(jiān)測一方面能夠對水體中有機污染現(xiàn)狀進行評價，另一方面可以鑒別污染物種類進而對排查污染源提供一定的幫助。 　　

3、對不同價態(tài)及其形態(tài)的污染物的監(jiān)測 　　

同種化學元素的不同存在價態(tài)以及形態(tài)對其生物毒性的影響至關重要。比如鉻元素在水體中存在三價與六價之分，其中三價鉻毒性較小且對在較大濃度范圍內(nèi)對人體有益，而六價鉻則表現(xiàn)為較強的生物毒性，在較低濃度下對人體造成較大危害。在水環(huán)境的監(jiān)測過程中傳統(tǒng)的六價鉻的監(jiān)測方法是利用六價鉻與二苯碳酰二肼的顯色反映進行檢測的。這種檢測方式由于收到氧化還原條件的影響容易造成較大誤差，進而使得對水體環(huán)境的判斷失準。采用高效液相色譜儀能夠同時監(jiān)測同種元素的不同價態(tài)進而對水體的污染物及其毒性進行更好的定量分析，為后續(xù)的環(huán)境評價與治理奠定基礎。